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Caractérisation phénotypique et fonctionnelle des différentes populations de lymphocytes pulmonaires chez l'hommeBourse Entreprises Louis De Waele2ème mandat plein temps |
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Caractérisation phénotypique et fonctionnelle des différentes populations de lymphocytes pulmonaires chez l'hommeBourse Entreprises Louis De Waele1er mandat plein temps |
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La transplantation rénaleBourse Jean Manuel de Solages2ème mandat plein temps |
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Usage du séquençage du génome complet pour la caractérisation des souches d’Escherichia coli responsables de pyélonéphrite aigue après transplantation rénale La greffe de rein est une des applications les plus remarquables des progrès médicaux effectués au cours des dernières décennies. Par contre, l’administration de médicaments anti-rejets visant à diminuer l’immunité augmente fréquemment les infections après la transplantation. Parmi elles, l’infection du rein transplanté par une bactérie nommée « pyélonéphrite du greffon » peut causer une altération de la fonction du rein, une dissémination sanguine de la bactérie voire le décès du patient. Mon objectif est d’étudier le génome des bactéries Escherichia coli responsables de pyélonéphrite après greffe rénale. Je souhaite identifier des gènes dits « de virulence » qui favoriseraient la survenue de la pyélonéphrite. Je souhaite analyser ces bactéries grâce au « next-generation sequencing », un outil émergent permettant de séquencer le génome complet d’une bactérie. Mes résultats pourraient être directement utiles pour la prise en charge des patients. Tout d’abord, nous pourrions analyser en routine les bactéries retrouvées dans les urines des patients transplantés afin d’évaluer si leur génome est virulent ou non. Ceci permettrait de décider si un traitement antibiotique est nécessaire. Ensuite, mon travail pourrait permettre d’identifier des cibles thérapeutiques pour des traitements comme les molécules anti-adhésion, les vaccins, visant à prévenir la pyélonéphrite du greffon dans le futur.
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Caractéristiques génétiques des clones épidémiques de staphylocoque doré méticilline-résistant en BelgiqueBourse Fonds Erasme2ème mandat plein temps |
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Caractéristiques génétiques des clones épidémiques de staphylocoque doré méticilline-résistant en BelgiqueBourse Fonds Erasme1er mandat plein temps |
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Caractérisation par séquençage à haut débit du génome complet des souches de Klebsiella pneumoniae responsables d’épidémies et d’infections invasives chez les patients hospitalisésBourse Chloé1er mandat plein temps |
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L'enjeu de la recherche Les bactéries ont développé des mécanismes de résistance aux antibiotiques suite à leur utilisation massive en médecine. La résistance aux anti-infectieux est reconnue internationalement comme un enjeu majeur de santé publique. Klebsiella pneumoniae est un des pathogènes les plus susceptibles d’acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques. Des épidémies de K. pneumoniae multi-résistants ont été rapportées mondialement dans de nombreux hôpitaux. A côté de la résistance, des souches de K. pneumoniae hautement virulentes sont responsables d’infections particulièrement sévères. Actuellement, les méthodes diagnostiques des laboratoires reposent sur plusieurs techniques ciblées et ne cherchant que des données génétiques connues. Une nouvelle technologie basée sur le séquençage de la totalité du chromosome bactérien est à l´aube de révolutionner l´approche diagnostique. Mon projet Mon projet consistera à caractériser trois collections de souches de K. pneumoniae multi-résistantes, virulentes ou épidémiques par séquençage complet du génome bactérien. Les données obtenues, qui seront comparées aux méthodes conventionnelles, devraient améliorer notre compréhension des mécanismes de résistance et de virulence chez cette bactérie. Parallèlement, cette nouvelle approche nous permettra de suivre l’évolution génétique de K. pneumoniae responsables d’épidémies. Cette expertise pourrait améliorer la prise en charge des infections et des épidémies à pathogènes multi-résistants.
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Caractérisation par séquençage à haut débit du génome complet des souches de Klebsiella pneumoniae responsables d’épidémies et d’infections invasives chez les patients hospitalisésBourse Chloé2ème mandat plein temps |
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L'enjeu de la recherche Les bactéries ont développé des mécanismes de résistance aux antibiotiques suite à leur utilisation massive en médecine. La résistance aux anti-infectieux est reconnue mondialement comme un enjeu majeur de santé publique. Une bactérie appelée Klebsiella pneumoniae est connue pour acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques et causer des épidémies dans de nombreux hôpitaux. A côté de la résistance, certaines souches de K. pneumoniae hautement virulentes sont responsables d’infections particulièrement sévères. Actuellement, les méthodes diagnostiques des laboratoires reposent sur plusieurs techniques ciblées et ne cherchant que des données génétiques connues. Mon projet Mon projet consiste à caractériser des souches de K. pneumoniae en réalisant les manipulations conventionnelles sur nos souches bactériennes mais surtout en utilisant une nouvelle technologie basée sur le séquençage de la totalité du chromosome bactérien. Durant cette première année, j'ai pu mettre au point au laboratoire de cette technique ainsi que l'analyse des séquences génétiques générées. Je me suis focalisée sur l'étude de souches de K. pneumoniae multirésistantes aux antibiotiques qui ont causé trois épidémies dans des hôpitaux belges. Outre la description de ces épidémies grâce à cette technologie, il est aussi intéressant de se poser les questions suivantes : cette technique peut-elle vraiment répondre à toutes nos questions ? Les techniques utilisées auparavant ne sont-elles pas suffisantes ? C'est pourquoi, nous avons également réalisé des manipulations plus conventionnelles sur nos souches bactériennes. Néanmoins, le fait d'avoir à notre disposition cette nouvelle technologie permettant de séquencer le génome complet des bactéries ouvre de nouvelles portes pour réaliser des études complémentaires sur K. pneumoniae et sur d'autres bactéries afin d'améliorer notre compréhension sur la résistance, la virulence et l'évolution phylogénique du monde bactérien.
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Caractérisation des souches de Klebsiella pneumoniae responsables d’épidémies et d’infections invasives chez les patients hospitalisés par séquençage à haut débit du génome completBourse Chloé1er mandat mi-temps |
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Les bactéries ont développé des mécanismes de résistance aux antibiotiques suite à l’utilisation massive de ceux-ci en médecine. La résistance aux antibiotiques est considérée comme un enjeu majeur de santé publique au niveau mondial. Parmi les bactéries, Klebsiella pneumoniae est particulièrement connue comme capable d’acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques et de causer des épidémies nosocomiales dans de nombreux hôpitaux. A côté de cela, certaines souches de K. pneumoniae hautement virulentes peuvent être responsables d’infections très sévères. Actuellement, les outils utilisés dans nos laboratoires pour étudier les bactéries reposent sur quelques techniques ciblées ne cherchant que des données génétiques connues. Mon projet consiste à étudier des souches de K. pneumoniae multi-résistantes, épidémiques ou hautement virulentes par une technologie permettant de séquencer la totalité de leur génome. Les données obtenues, qui seront comparées aux méthodes conventionnelles, devraient améliorer notre compréhension des mécanismes de résistance et de virulence de cette bactérie. Parallèlement, cette nouvelle approche nous permettra de suivre l’évolution génétique des K. pneumoniae responsables d’épidémies nosocomiales et d’améliorer la prise en charge clinique des infections à pathogènes multi-résistants.
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L'immunitéBourse Mécènes du Fonds Erasme |
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Contrôle transcriptionnel des cellules TCD8 innées Les lymphocytes TCD8 sont des cellules du système immunitaire jouant un rôle clé dans la défense de l’organisme contre les microbes ainsi que les cellules cancéreuses. Lors d’une infection ou d’une vaccination, ces cellules se multiplient rapidement. Après cette phase d’activation, leur nombre va fortement diminuer. Les lymphocytes TCD8 qui subsistent sont appelés "cellules mémoires" et persisteront toute la vie. Ces cellules ont des propriétés particulières qui leur permettront de protéger efficacement l’organisme lors d’une exposition ultérieure au même agent infectieux. Mes travaux au sein du laboratoire visent à définir les mécanismes moléculaires par lesquels les lymphocytes TCD8 acquièrent cette mémoire immunitaire. J'ai pu observer que l'augmentation de l'expression de la protéine éomésodermine au sein des lymphocytes TCD8 favorise leur différenciation en cellules mémoires. J'explore actuellement les mécanismes par lesquels cette protéine est capable d'induire des fonctions mémoires dans ces cellules. Une meilleure compréhension de ces processus est capitale pour le développement de vaccins efficaces contre certaines maladies telles que le SIDA ou la tuberculose, voire contre certains cancers.
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Diagnostic moléculaire et étude de la diversité génomique de pseudomonas aeruginosa et staphylococcus aureus responsables d'infection pulmonaire chez les patients mucoviscidosiquesBourse Therabel2ème mandat plein temps |
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